El Colegio Cristiano Josué de San Miguel, fue fundado en el año de 1988 como un apéndice de la Iglesia Cristiana Josué de las Asambleas de Dios. La iglesia en ese entonces estaba siendo pastoreada por el hno. Edison Campaña. Funcionaba sobre la 2ª Avenida sur número 608 Barrio Concepción de esta ciudad.

Su primer Director fue el profesor Alfonso Chávez, el primer maestro de Biblia y consejero espiritual fue el hno. José Luis Zárate.

Se inicio el año escolar con 120 alumnos con los niveles educativos desde parvularia hasta Bachillerato comercial y académico. En el bachillerato comercial se impartían las modalidades de secretariado, contaduría, computación y administración. En el bachillerato académico contaba con las modalidades de académico común, físico-matemático y ciencias naturales.

Cuando la reforma educativa cambio las modalidades que se impartieron son: parvularia, primer, segundo y tercer ciclo de educación básica, bachillerato técnico vocacional opción contaduría, computación y el bachillerato general. En 1999 se traslado a su propio local. 

Además el colegio cuenta con zonas verdes, zonas recreativas, cancha de fútbol, cancha de basquetbol, cancha de volibol, piscina semi olímpica, laboratorio de idiomas, laboratorio de ciencias naturales, laboratorio de robótica, laboratorio de computo, salón de multimedia, biblioteca, sala de maestros, enfermería y primeros auxilios, asistencia psicológica y espiritual, cafetería, etc.

La Ley General de Educación y demás disposiciones reglamentarias correspondientes, el Órgano Ejecutivo en el ramo de Educación, ACUERDA: Autorizar la Creación del Colegio Cristiano Josué en la ciudad de San Miguel del departamento del mismo nombre y el funcionamiento de las modalidades de Bachillerato Académico en las opciones Matemática-Física, Ciencias Naturales y Humanidades (Jornada diurna). Bachillerato en Comercio y Administración en las opciones de Secretariado, Contaduría y Comercialización (Jornada Diurna) y Bachillerato Industrial en las opciones Electricidad y Automotores (Jornada diurna). Reconociéndose como Director del Centro Educativo al señor José Alfonso Chávez Saravia.